生态经济研究所主要从事自然生态系统保护修复工程综合效益评价、生态产品价值实现路径与多元化生态补偿机制、碳市场交易机制与政策模拟等方面的综合集成研究。研究所成员主持承担国家社科基金重大、重点等科研项目近20项，省部级重大和重点等科研项目30余项，出版学术著作近50部，学术论文近300篇；承担地方重大发展规划和政策咨询项目50余项，研究报告获得中共中央政治局常委、委员、国务院领导和中央国家机关部委以及省级党委政府和人大领导批示40余次，科研成果获省部级成果特等、一等、二等奖等奖励近20项。本方向的特色是注重运用多尺度多学科交叉研究方法，重点推进生态产品价值实现机制、生态产品产权交易与补偿制度、森林碳汇经营管理策略、流域和海岸带重要生态系统一体化保护修复工程的综合绩效评价与管理优化设计等研究方面取得重要突破，努力保持学术科研和服务决策水平处于国内领先地位。